有机生物菌肥内含有大量的土壤微生物菌剂，这些微生物能够释放土壤中的不可溶性磷钾等肥料元素，施用后增效显着。但是，这类微生物多是好气性菌类，它们的一切生命活动，都需要适宜的温度、水分和适量的氧气。因此，必须在高温焖室以后才能施用，以免焖室时因土温高，使之失去活力，而且要浅施，入土深度5～8厘米为好，不可深于10厘米，防止深层土壤氧气不足，影响微生物的活性，降低使用效果。对含硫高的土壤和锈水田，不宜施用生物菌肥，因为硫能杀死生物菌。对于翻浆的水田，一般不用撒肥，可采用喷雾的方法，效果更明显。施用菌肥的比较好温度是25～37℃，低于5℃，高于45℃，施用效果较差。对高温、低温、干旱条件下的农作物田块不宜施用。同时还应掌握固氮菌适温度，土壤含水量是60～70%左右。于各种常用化肥·有机肥配合使用，提高肥料的利用率，增产增收效果好。陕西本地生物菌肥技术指导
为什么减少化肥的使用呢？它本身有固氮作用，有解磷解钾作用，把原来施到地里，被土壤固定的一些钾磷能解开，然后被被作物吸收，所以说减少化肥的使用量，同样是一亩地，过去一亩地施30斤，现在施20斤，就能足够作物的生长，它能减少化肥的使用量。为什么能促进根系发育？生物菌在土壤中活动的过程中，能分泌出一种促进根系生长发育的，一些分泌物，如赤霉素、细胞分裂素、吲哚乙酸，这些都能促进根系发育，根系发育的好，吸收功能就强，提高作物的和抵抗力。陕西本地生物菌肥技术指导生物菌肥在提高土壤生物肥力、防控根部病害、提高产品品质作用***，但是也有部分农户反映效果不稳定。
二、生物菌肥可以单独使用，但是与经过腐熟的有机肥混合使用，其效果要远好于单独施用有机肥或生物菌肥。生物菌肥不宜与化肥直接混合使用，高浓度的化学物质对生物菌肥里的微生物有毒害作用，尤其要注意不应将菌肥与含硫的化肥（如硫酸钾等）及草灰混合用，因为这样的肥料更容易杀死菌肥里的有益菌。三、在对温室大棚里的土壤或蔬菜育苗用营养土后，至少要经过10-15天，才可以施用生物菌肥，切记不可施用生物菌肥后再实行土壤。不应同时使用菌肥与剂、杀虫剂、除草剂。一般先施菌肥，隔48小时后，再打药除草。若拌种，切忌和已拌好剂的种子混合使用。
果树用完生物肥的实际验证结果：对果品品质的影响。在苹果、葡萄、梨、草莓和猕猴桃等多个树种上的研究结果表明，微生物肥料明显提高了果品品质。内在品质上主要提高了果实的可溶性固形物和含糖量、糖酸比和香气品质；从外在品质看，提高了果实着色度和硬度，果形大小较匀称。施用微生物肥料有效增加了果实单果重并显着提高了单位面积产量，果园施用微生物肥料后，苹果、桃、葡萄、李子的产量，分别增产29.8%、27.7%、12.6%、21.1%设施桃树上施用微生物肥料后，显着提高了土壤温度，10厘米根际土壤温度平均升高2.2℃；促进了土壤表层根系的发生与生长，细根数量比对照增加1.5倍；明显提高了桃的坐果率各种常用化肥·有机肥配合使用，提高肥料的利用率，增产增收效果。
施用数量因为生物菌不能替代复合肥,所以应与复合肥混和施用,但要注意化肥量不能过多,因为高浓度化学物质对菌肥里面的微生物有毒害作用,一般每亩施用25kg三元复合肥,40kg生物菌肥为宜。施用环境生物菌肥在施用的过程中不能有杀菌环境。要注意不能和杀菌剂混合使用,否则会把活性菌杀死,丧失菌肥的作用,在温室大棚施用时要注意不要有紫外线灯,因为紫外线会杀死生物活性菌。施用湿度土壤湿度影响生物菌肥施用效果。由于生物菌大部分是好氧菌,在土壤见干见湿时生命力才活跃。施用生物菌肥后一定要合理灌水,选择晴天上午浇小水,这样不仅能提高地温,还能放风排湿。注意浇水后进行划锄,增加土壤通透性,增强生物菌肥效果。80%以上的果园都在施用无机化肥，土壤板结透气性差，使得一些厌气菌大量繁殖，如镰刀菌、齐整小核菌等。陕西本地生物菌肥技术指导
土壤中的微生物能分解土壤中的动植物残体，形成越来越小的有机分子，这就是腐殖质有机质。陕西本地生物菌肥技术指导
与化肥混用要注意化肥用量不能过大。高浓度的化学物质对菌肥里的微生物0害作用，尤其注意不能与碳酸氢铵等碱性肥料和硝酸钠等生理碱性肥料混用。***，注意千万不要与杀菌剂、杀虫剂、除草剂和含硫化肥，如***钾等以及稻草灰混合用，因为这些药、肥很容易杀死生物菌。在施用时，若施菌肥与防病虫、除草相矛盾时，可先施菌肥，隔48小时后，再打药除草。若拌种，切忌和已拌好杀菌剂的种子混合使用。同时还应防止与未腐熟的农家肥混用，因为农家肥在腐熟的过程中会发酵，这样会直接杀死生物菌。陕西本地生物菌肥技术指导
